Tình trạng bảo tồn hiện nay của loài này theo IUCN là ít quan tâm (lower risk/least concern).[1]. Hiện tại, loài này được liệt kê trong CITES như sau:

• Phụ lục I (cấm tất cả các giao thương thương mại trong các loài hoặc các sản phẩm phụ của nó): Tất cả các quần thể hoang dã ngoại trừ các quần thể ở Úc, Indonesia và Papua New Guinea;
• Phụ lục II (thương mại được phép xuất khẩu, giấy phép nhập khẩu có thể hoặc không bắt buộc tùy thuộc vào luật của nước nhập khẩu): Quần thể ở Úc, Indonesia và Papua New Guinea, cộng với tất cả các quần thể trên thế giới được nuôi nhốt vì mục đích thương mại.

Cá sấu nước mặn thường bị săn bắt vì thịt và trứng của nó, và da của nó là giá trị thương mại nhất của bất kỳ loài cá sấu nào. Săn bắn không được kiểm soát trong thế kỷ 20 gây ra sự suy giảm đáng kể trong các loài trong phạm vi của nó, với số lượng ở miền bắc Australia giảm 95% vào năm 1971. Những năm 1940-1970 là đỉnh của săn bắn không được kiểm soát và có thể gây thiệt hại không thể khắc phục quần thể cá sấu nước mặn. Loài này hiện đang có sự bảo vệ pháp lý đầy đủ ở tất cả các bang và vùng lãnh thổ của Úc nơi nó được tìm thấy - Tây Úc (từ năm 1970), Lãnh thổ Bắc Úc (từ năm 1971) và Queensland (từ năm 1974). Săn bắn bất hợp pháp vẫn còn tồn tại ở một số khu vực, với việc bảo vệ ở một số quốc gia không hiệu quả một cách đáng kể, và việc buôn bán thường khó theo dõi và kiểm soát trên phạm vi rộng lớn như vậy. Tuy nhiên, nhiều khu vực chưa hồi phục; một số khảo sát cho thấy mặc dù những con cá sấu trẻ còn tồn tại, ít hơn 10% mẫu vật được phát hiện ở phạm vi kích thước trưởng thành và không bao gồm những con đực đặc biệt lớn ở Sri Lanka hay Cộng hòa Palau. Đây là dấu hiệu của cả sự khủng bố và khai thác tiếp tục tiềm tàng và quần thể sinh sản không hồi phục. Trong một quần thể cân bằng hơn, chẳng hạn như những cá thể từ vườn quốc gia Bhitarkanika hoặc Sabah, Malaysia, 28% và 24,2% mẫu vật quan sát thấy trong phạm vi kích thước lớn hơn 3 m (9 ft 10 in).

Mất môi trường sống tiếp tục là một vấn đề lớn đối với các loài. Ở miền bắc Australia, phần lớn sinh cảnh làm tổ của cá sấu nước mặn là dễ bị chà đạp bởi trâu nước hoang dã, mặc dù các chương trình diệt trừ trâu đã giảm đáng kể vấn đề này. Ngay cả khi các khu vực sinh sống phù hợp vẫn còn lớn, sự thay đổi môi trường sống tinh tế có thể là một vấn đề, như ở quần đảo Andaman, nơi các khu vực nước ngọt, được sử dụng để làm tổ, đang ngày càng được chuyển đổi sang nông nghiệp của con người. Sau khi giá trị thương mại của da cá sấu bị suy yếu, có lẽ thách thức lớn nhất trước mắt để thực hiện các nỗ lực bảo tồn là sự nguy hiểm không thường xuyên mà loài có thể gây ra cho con người, và kết quả tiêu cực của cá sấu.